Para realizar la cancelación de las facturas en esta nueva versión 4.0 es necesario conocer el motivo de cancelación.
Si la factura que cancelaremos sera relacionada con una nueva realizaremos el siguiente proceso:
1.-Necesitamos generar una nueva factura con los datos correctos como se muestra en el ejemplo.
2.-Una vez capturada la información correcta en la factura nos desplazarnos hacia la parte inferior e identificaremos los siguientes campos
3.-En estos apartados necesitaremos seleccionar las siguientes opciones en el apartado "Relación de CFDI" para que nuestra cancelación con relación sea valida ante el SAT "04-Sustitucion de los CFDI previos" como se muestra en el ejemplo. 
4.-Después de seleccionar esta opción necesitamos relacionar el Folio Fiscal que sera el que vamos a cancelar, para así poder asignar la relación, para esto es necesario identificar el folio de nuestra factura para hacer la búsqueda(como se muestra a continuación).
de esta manera se visualizara una vez seleccionada, teniendo esto procedemos a guardar y timbrar nuestra factura.
5.-Ahora procedemos a hacer la cancelación de nuestra factura la cual nos mostrara la siguiente ventana
6.-En este apartado seleccionaremos la nueva factura que reemplazara la anterior como se muestra a continuación.
y seleccionamos el apartado de "Eliminar documentos relacionados" esto con la finalidad de eliminar la venta, se vería de la siguiente forma
7.- Realizado este procedimiento procedemos a dar click en el botón de "Aceptar" debemos esperar a que la ventana de la cancelación se quite y en automático nuestra factura pasara a "En proceso" o "Cancelado".